Yu ☆ Gi ☆ Oh! Arc-V, digər üç şəxsiyyəti ilə birlikdə "The Phantom" kimi tanınan sirli bir Əyləncə Duelisti Yuuya Sakaki ətrafında dayanır: Yuuto, Yuugo və Yuuri. Kütləvi sistemlə Solid Vision-a hücum etdiyinə görə Leo Corporation tərəfindən təqib edildi və öz məqsədləri üçün istifadə etdi.
Qaçışda, iflas ərəfəsində olan Syu Zo Duel Məktəbinin direktorunun qızı Yuzu Hiiragi ilə görüşür və Yuuyanı məktəbində müəllim olmaq üçün müqavilə bağlayır. Bununla birlikdə, Yuuya məktəbdə dərs verməzdən əvvəl, ilk növbədə Genesis Omega Dragon adlı bir kart tapmalı, bu da onun dağılmış xatirələri ilə əlaqəli olan dünyanın taleyini təyin edəcəyini söylədi.
Hekayə, prezidenti Reiji Akaba tərəfindən idarə olunan Leo Korporasiyasının şəhər daxilində Solid Vision sisteminin əksəriyyətinə hakim olduğu Miami City-nin alternativ versiyasında qurulub. Şirkətin Solid Vision-un kütləvi şəkildə yayılması yalnız “Action Duels” doğurdu, həm də şəhərin həyatını xilas etməsində və fəlakət halında zərərin düzəldilməsində və həyati əhəmiyyətə sahib olmasına kömək etdi
