xülasə
Shell manqasından ilk Ghost'dan bir neçə il sonra yer alır. Major o vaxtdan itkin düşdü və Shell 2'deki Ghost, bir orqan fabrikindəki bir hadisə və bunun nəticələri ilə bağlı istintaq apararkən sirli Motoko Aramaki izləyir. Çaşqınlığı təmizləmək və özünü bu müddətdə xilas etmək üçün qaçır. Bu vaxt, 9-cu hissənin keçmiş üzvləri Motoko-nu kim olduğunu öyrənmək üçün araşdırırlar.