Məşhur bir otome oyununa əsaslanaraq, Hakuouki alternativ bir gerçəklikdə Chizuru və Shinsengumini izləyir. Çizuru itkin atasının axtarışı üçün Kyotoya gedir, lakin bir hadisəyə qarışdıqdan sonra məşhur Hijikata Toshizo və Okita Soshi də daxil olmaqla üzvləri ilə görüşdüyü Şinsengumi tərəfindən aparılır. Chizuru'nun atası Şinsengumini gücləndirmək üçün hökumət araşdırmaları aparır və acimizu inkişaf etdirir. Bu ochimizu, cin kimi güc və bərpa effekti verən, ancaq bir dəfə qəbul edildikdə istifadəçi həddindən artıq ağrı keçirir və nəticədə qan ac canavar halına gəlir.
Chizuru müdafiə etmək üçün Hijikata açimizu alır və vəziyyət xilas olmasına baxmayaraq, indi xəstəlikdən əziyyət çəkir. Vərəminin Çizuru və özünü müdafiə etməsinə mane olduğu zaman Okita da düstur almağa məcbur olur. Onların hərəkətlərindən məsuliyyət duyan Chizuru, öz çarəsizlik hissi ilə mübarizə aparmalı və Shinsengumini dəstəkləmək üçün cəsarət tapmalıdır.
