2065-ci ildə Yer, Nova adlı əlavə ölçülü yadplanetlilərlə müharibənin mərkəzindədir. Silahlı qüvvələr fövqəlinsə döyüş silahları sistemləri və bacarıqlarını göstərmək üçün Stigmata (Seikon) adlanan xüsusi genetik toxumadan istifadə edə bilən qızları Pandoraları inkişaf etdirir və öyrədir. Pandoraları dəstəkləyən, rəqiblərinin azadlığını məhdudlaşdırmaq üçün xüsusi “dondurma” güclərindən istifadə edən Limiters adlı kişi ortaqlardır.
Bu məhdudlaşdırıcılardan hər hansı biri mərhum bacısı Pandora olan Kazuya Aoi'dir. Kazuya, Yaponiyanın Qərbi Genetika Akademiyasında oxuyarkən alçaq üslubu və həddindən artıq aforiyası ilə güclü bir Pandora, Toxunulmaz Kraliça ləqəbli Satellizer el Bridget ilə qarşılaşır. Sinif yoldaşlarının Satellizerdən çəkinmək barədə xəbərdarlıqlarına baxmayaraq, Kazuya ilə dostluq edir və onun məhdudlaşdırıcısı olmağı xahiş edir. Satellizer, tezliklə mövqelərin və kursların dəyişməsini kollec əleyhdarlarına qarşı bir neçə dəfə döyüşərək dəstəklədikdən sonra Kazuyanı ruh yoldaşı olduğuna inanan Rana Linchen adlı bir sevgi münasibətində bir rəqabətə girsə də, onunla ünsiyyət qurmağı qəbul etdi. Novalar, nəzarəti altındakı Pandoraları istifadə edərək, kolleclərinə, təşkilatın yeraltı laboratoriyasına daxil olmaq üçün hücum etdikdə, rəqabəti dayandırılır.
Satellizer və Kazuya, Qərbi Genetika şagirdlərindən bir neçəsini Alyaska'daki bir laboratoriyaya qatırlar, burada Evolution Pandora (E Pandora) tapşırığı ilə birlikdə kömək edə bilər və normal qadınların Stigmata nəqlini Pandoras halına gətirməsinə imkan verir. E Pandoralar arasından biri dəhşətli vəziyyətə gəldikdə, digərləri təcrübədəki dərmanların təhlükəli olub olmadığına dair suallar verirlər, lakin menecerin yanında ticarət təşkilatın da istəklərinə tabe olurlar. E-Pandora Amelia Evans, xərclənənə qədər istifadə oluna biləcəklərini tapdıqdan sonra Nova Clash-da bir üsyana yönəlir.
Kazuya ailəsinin Pandora ilə yanaşı Nova ilə əlaqələri haqqında daha çox məlumat əldə edir. Kazuya babası Gengo Aoi, Rana və Satellizer'i Valkyries adlı qadınlarla birlikdə bənzərsiz bir komandaya cəlb edən eyni işi tapdı. Buna baxmayaraq, xüsusi hazırlanmış Nova ilə nümayiş etdirilən nümayişdə, saxta olan Pandoralar tərəfindən aldanışlar yaşanır, habelə saxta Novalar, Genetiği parçalayan 100-lük Nova'nın bir legionuna çevrilir. Gengo, Kazuya xala olan Əfsanəvi Pandoraları ortaya ataraq bunu sayır. Əfsanəvi Pandoralardan bir neçəsi ölümcül Novaya çevrildikdə, lakin tapşırıq dağıldıqda, Busters adlı bir neçə məhkumun işlədildiyi Gengo'ya sui-qəsd cəhdləri.
